К 545 году на «крестовой» горе уже стоял храм малого размера; сейчас он в руинах. Более крупная церковь в форме
тетраконха (22 на 18,4 метров) была воздвигнута в 590—604 годах. Возможно, её архитектором был Микел Тхели.
Воздвигнутая на вершине скалистого массива, церковь служит его органическим завершением и центром всего окружающего ландшафта. Единство с ландшафтом подчеркнуто тем, что сам монастырь соотносится с размером скалы ровно как 1 к 7. Форма храма является результатом длительных поисков грузинских зодчих, отказавшихся от формы базилики и искавших оптимальную форму центрального крестового храма, с единым внутренним пространством. Эти поиски отражены, например, в храме в
Дзвели-Гавази в
Кахетии и в кафедральном соборе в
Ниноцминде.
Небольшой по размерам храм в плане представляет вписанный в квадрат крест с полукруглыми
апсидами на концах. Внутреннее пространство обладает соразмерностью, ясностью и четкостью. Завершён храм куполом на восьмигранном
барабане.
Облик фасадов определяется гранёными апсидами с плоскими нишами. Восточная и южная сторона храма украшены скульптурными рельефами и орнаментами, на гранях алтарной апсиды — три рельефа с изображениями
ктиторов. Скульптуры грубоваты и наивны по исполнению, но в целом орнамент хорошо подчеркивает архитектурные формы храма.
Архитектурное решение выделяется исключительной цельностью, вписанностью в ландшафт. Купол на восьмигранном барабане послужил чтимым образцом для
Атенского Сиона (в
Горийском муниципалитете) и множества других кавказских храмов, став символом средневековой Грузии.
В 2004 году Джвари был внесен в список Международного фонда монументов, как один из ста, которым грозит гибель, однако реставрационные работы 2007 года позволили исключить его из этого списка. Между тем, на стенах монастыря до сих пор можно видеть варварские надписи посетителей со всего
СССР за последние 60 лет.
